python將字符串類型轉換為數字，python字符串轉64位數字_python-將String轉換為64位整數映射字符以自定義兩位值映射...

您將4個不同“數字”的字符串解釋為數字,因此以4為基數.如果您有一串實際數字,范圍為0-3,則可以讓int()真正快速地生成一個整數.

def seq_to_int(seq, _m=str.maketrans('ACGT', '0123')):

return int(seq.translate(_m), 4)

python將字符串類型轉換為數字。上面的函數使用str.translate()用匹配的數字替換4個字符中的每個字符(我使用靜態str.maketrans() function創建轉換表).然后將所得的數字字符串解釋為以4為底的整數.

請注意,這將生成一個整數對象,而不是零和一個字符的二進制字符串：

>>> seq_to_int('TGTGAGAAGCACCATAAAAGGCGTTGTG')

67026852874722286

python將空值替換成0？>>> format(seq_to_int('TGTGAGAAGCACCATAAAAGGCGTTGTG'), '016x')

'00ee20914c029bee'

>>> format(seq_to_int('TGTGAGAAGCACCATAAAAGGCGTTGTG'), '064b')

'0000000011101110001000001001000101001100000000101001101111101110'

字符串中提取數字的函數。這里不需要填充；只要您的輸入序列為32個字母或更少,則結果整數將適合無符號8字節整數表示形式.在上面的輸出示例中,我使用format()字符串分別將該整數值格式化為十六進制和二進制字符串,然后將這些表示形式零填充到64位數字的正確位數.

為了衡量這是否更快,讓我們隨機抽取一百萬個測試字符串(每個字符串長28個字符)：

>>> from random import choice

>>> testvalues = [''.join([choice('ATCG') for _ in range(28)]) for _ in range(10 ** 6)]

列表去除重復元素python，在使用2.9 GHz Intel Core i7的Macbook Pro和Python 3.6.5上,上述功能可以在3/4秒內產生100萬次轉換：

>>> from timeit import timeit

>>> timeit('seq_to_int(next(tviter))', 'from __main__ import testvalues, seq_to_int; tviter=iter(testvalues)')

0.7316284350017668

python菜鳥教程，因此,每個通話為0.73微秒.

(以前,我提倡使用預計算版本,但經過試驗,我采用了以4為底的想法).

要將其與到目前為止發布的其他方法進行比較,還需要調整一些方法以產生整數,并將其包裝到函數中：

def seq_to_int_alexhall_a(seq, mapping={'A': b'00', 'C': b'01', 'G': b'10', 'T': b'11'}):

python如何將數字轉化為字符串、return int(b''.join(map(mapping.__getitem__, seq)), 2)

def seq_to_int_alexhall_b(seq, mapping={'A': b'00', 'C': b'01', 'G': b'10', 'T': b'11'}):

return int(b''.join([mapping[c] for c in seq]), 2)

def seq_to_int_jonathan_may(seq, mapping={'A': 0b00, 'C': 0b01, 'G': 0b10, 'T': 0b11}):

python字符串轉換成整數。result = 0

for char in seq:

result = result << 2

result = result | mapping[char]

python將輸入的字符串轉換為數字。return result

然后我們可以比較這些：

>>> testfunctions = {

... 'Alex Hall (A)': seq_to_int_alexhall_a,

... 'Alex Hall (B)': seq_to_int_alexhall_b,

... 'Jonathan May': seq_to_int_jonathan_may,

... # base_decode as defined in https://stackoverflow.com/a/50239330

... 'martineau': base_decode,

... 'Martijn Pieters': seq_to_int,

... }

>>> setup = """\

... from __main__ import testvalues, {} as testfunction

... tviter = iter(testvalues)

... """

>>> for name, f in testfunctions.items():

... res = timeit('testfunction(next(tviter))', setup.format(f.__name__))

... print(f'{name:>15}: {res:8.5f}')

...

Alex Hall (A): 2.17879

Alex Hall (B): 2.40771

Jonathan May: 3.30303

martineau: 16.60615

Martijn Pieters: 0.73452

我提出的以4為基的方法很容易贏得這一比較.